Tengo dos monitores conectados a mi tarjeta gráfica NVIDIA y desde la configuración de la pantalla no era capaz de indicar que la principal (donde aparece la barra) era la otra. Al final ya sabéis... hay que entrar en el todopoderoso terminal.
Con el comando xrandr obtendras la información de las "salidas" que tienes disponible y cuales están conectada.
Averigua el nombre de la salida "output" que quieres convertir en principal y ejecuta el comando:
sudo xrandr --output [salida] --primary
Ejemplo: sudo xrandr --output DVI-I-1 --primary
Espero que os sirva.